NGS解析: CuffdiffをiMacとWSで走らせてみたところ
RNA-Seq解析
24 core/Ubuntu 16.04/Custom PCでのRNA-Seq解析は4 core, Core i5/iMac での解析のおよそ5倍のスピードだった。
解析作業にそれぞれ16コアと2コアを割り当てた。
マシンパワーが解析時間の短縮に重要であると実感する。
1985 XLH アイアンスポーツ
自動車を売却したため日頃の足にバイクを買いました。暇をみては乗り物を探していましたが、なるべくいじっていなくて走行距離少なめで、年式が新しくなくて、しかも程度がいい実働車となるとなかなか見つかりませんでした。
ようやく近所で売却予定のよさそうなのを発見しました。
それはスポーツスター。人生で4台目のバイクにして3代目のハーレーとなります。
ハーレーの中でスポーツモデルかつ小型なのがスポーツスターファミリーです。スポーツと言ってもスポーツスターのスポーツはお前とか奴（やつ）とかいう意味らしいです。
現在のスポーツスターモデルの排気量は883 ccと1200 ccの二種類がありますが、私が購入したのは1000 ccのいわゆるアイアンショベルとかアイアンスポーツと呼ばれるハーレーです。モデルはXLHで年式は1985年式。この年がアイアンショベルの最終型です。
やっこカウルの付いた、でかいハーレーではありません。ハーレーの中で小排気量のモデルで小型なので取り回しがとても楽です。以前乗っていたFatboyやRoadkingに比べれば雲泥の差です。
貧乏人のハーレー（poor man’s Harley) などと揶揄されますが、乗ってみて感じることはバイクを操る楽しさが味わえるとてもいいバイクだと思います。変速が4速で低速トルクも十分にあるので大雑把に乗ることができます。乗り味は間違いなくハーレーのものです。
それにしてもクラッチレバーの重いこと重いこと。Fatboyを日本に残して渡米して2年半。この間、バイクは休止していました。復帰したのはいいのですが、鈍った左ではすぐに悲鳴をあげました。というのもニュートラルの入りがシブいので街乗りの信号停止の時はクラッチ握りっぱなしだからです。でもいくつかコツをつかみました。
一つは信号が赤の時、停車前にニュートラルに放り込む。二つ目は完全に停止していても半クラで若干タイヤが転がってる時に1速からつま先で放り込む。三つ目は2速からちょんっと踏んで入れる。するとニュートラルがとれる。
それから、じゃじゃ馬という噂は本当でした。というのも走行中にシフトチェンジしようとすると、そこにあるはずのシフターのペグがありません。ボルトの緩みで脱落してどっかいってしまいました。ものの本で読んだ、走行前点検で各ボルトを増し締めしなさいというのはこういうことだったのかと今更ながら認識しました。
幸いなことに、ペグを失ったのは自宅までほんの1 km程度のところだったので1速のままノロノロ運転で無事帰り着きました。その日のうちにディーラーにシフトペグを買いに行ったのは言うまでもありません。
これから長い付き合いになりそうです。
NGS 解析用ワークステーションの導入
次世代シークエンス（Next Generation Sequencing, NGS）が世に出て10年ほどですが、遅ればせながら本格的に解析を始めることになりました。
これまでiMacでちょこちょこ解析をしていましたが日常のメールを書いたりパワーポイントを使ったりしているマシンだと作業上、面倒がありました。
そこでワークステーションを一台購入することに相成りました。
このワークステーションのスペックですが
2マザーボード24コアの2.4 Ghz Xeonプロセッサー、32GBメモリー、HDDは4TB、トータル12TBでRAID構成。OSの起動用に256GBのSSD搭載。
大柄な筐体のPCケースに怪しげな赤いLEDが内部で光っています。ちょうどザクのモノアイのような。しかし性能に関して言えばiMacとは違うのだよiMacとは。
OSはUbuntu 16.04。最近リリースされたようです。パッと見た目は14.04と大して変わっていないように見受けられる。
これで最初に取り掛かるのはRNA-Seqの発現量解析になりそうです。
用心することが肝要だ
最初に言っておくと、自宅に泊めていた自転車が盗まれてしまいました。
前日、研究室から帰宅して、玄関前のパントリーに停めておいたものが夜間寝ている間に、持ち去られてしまったのです。
朝、出勤しようとするとすると、そこに停めてあったはずの自転車が無くなっていたというわけ。一瞬何が起こったのかわからなくて、現実の認識にしばし時間がかかり、その場に立ち尽くしてしまいました。
前日は雨が激しく降っており、体も自転車もびしょ濡れに濡れていました。そんな自転車を雨の中、どんな泥棒が持って行ったのか。合点がいかないのが、雨の日にわざわざ自転車に乗る人はこの国ではとても珍しい（と思う）。自転車は移動の手段というよりも健康のためのエクササイズや趣味で乗る人が圧倒的に多いので。
我が家は通りから奥まった位置にあり、自転車は我が家の車のさらに奥なので見えなかったはず。おそらく泥棒は自宅の敷地に入って、金目のものを物色し、自転車があったので盗んでいったのだと思われる。自宅内であることもあり自転車にはロックをしていませんでした。そこに油断があったと言えるかもしれませんが、通りから20 mも入らないと自転車には行き着けないのだからまさかという思いです。
盗まれたのは1980年代のTREK 400というロードレーサーで$100で中古のものを購入しタイヤやロックやフロントライトなどを交換し装備してました。ペダルはもともと付いていたのがプラスチックのもので、カッコ悪かったので日本から持ってきたSHIMANO製のマウンテンバイク用のアルミニウム製の物にしていました。自転車の車体以上にそうした保安部品などのパーツ代のほうが高価だったりする。
金額はさておき、気に入って使っていたものが突如こうした形で失われたことは、とても悲しい。と同時に体の一部を失ったような喪失感を伴う（ちょっと大袈裟かもしれないが、そういう気分になった）。
この国で生き抜くには、隙を見せてはいけないなぁ。教訓を得たと思えばこれは幸いだったのかもしれないと前向きに捉えて次に活かそう。
不食をしたら腰痛が消えた
ふと思う所があって不食を試みました。不食というのは絶食とは違うもののようですが、言葉の捉え方の違いであってないようにさしたる違いはないと思います。
要は食べないということ。日曜日の朝食に薄い食パン2枚と目玉焼きを最後に水曜日の夕食まで3日とちょっと食事を抜きました。
飲み物は制限しませんでした。この間、口から入れた物は朝のコーヒーと昼の日本茶、夜はミネラルウォーター。途中途中でミネラルウォーターを飲みました。
体に生じた変化は色々とありましたが、主に感覚に関する物が大きかったよ言うに思います。
まず匂いや触感が敏感になり、視野が広がったように感じ、周囲のものがよく見えるようになります。また景色が明るく見えるのです。そして頭が冴えます。これは普段、半分寝ぼけているからかもしれませんが。。。
便に関しては初日に便通があり、これは通常通りでしたが、三日目の朝、黒い便が少量出ました。宿便というやつでしょうか。
あと何よりここ1年半ほど患っている腰痛が無くなりました。これには驚きました。日本の俳優さんが一ヶ月不食をしたと少し前にニュースになっていました。前々から私も不食には興味がありましたがなかなか実践できませんでした。男優さんはそのニュースで腰痛が無くなったと言っていましたが、それは本当でした。私の場合たったの3日ちょっとですが。自然治癒というやつでしょう。人間に限らず動物は自然治癒力を持っています。動物はその力を最大に発揮して病気や怪我を治している。野生の動物は体の不調で薬を飲むということはしません。どうやって直すかというとじっと動かないで、何も食べずに直します。人間だけが自然の法則から外れたことをしている。医薬や医療は必要だと思いますが、人間はもう少し自身の体の内からの声に耳を傾けてみるのがいいように思います。
体重はこの三日で60 kgから56 kgへと4 kgちょうど減少しました。不食を止めた水曜日の夕食はご飯を1杯半とみそ汁、塩鯖半身とほうれん草のおひたしでした。
不食を止めた後の夜、体重を測るのを忘れたので、翌朝計測しました。この時の体重が58.1 kgでした。そして二日ほどして元の体重60 kgに戻りました。
やってみての感想は不食はちょっとやってみるという軽い感覚で試してみるといいと思います。一日二日食べなくても死ぬようなことはありません。また体が軽くなり調子がいい事に気がつくと思います。フラフラして何も手につかないという事もありません。胃腸を休め、口も使わないので虫歯の心配も減ります。そもそも動物は歯磨きなんてしません。歯磨きしないのにどうして虫歯にならないのか。虫歯のライオンとか虫歯の馬や牛とか聞いた事ありません。どうしてなんでしょうか？？？疑問は尽きません。
クラウドのストーレージ利用
クラウドコンピューティング、便利になりすぎるといかんと思いながらも最近はよく利用している。一分一秒を無駄にできない仕事をしている時はクラウドストーレージは助かります。
最近知ったのですが、私の大学全体のシステムには容量無制限で無料で使えるクラウドストーレージのサービスがありました。
大学が教育と研究で、その魅力をアピールしていくためにも、競争に勝たなければならないとすると、こうしたサービスを大学が提供する事は理にかなってといえるでしょう。
また、大学のネットワークに接続されるコンピューターはMac, Windowsに限らずネットワーク上ですべて自動でバックアップコピーがとられます。
不意のアクシデントでコンピューターがクラッシュしてもファイルは完全にコピーされています。ユーザーがバックグラウンドのバックアップコピーのその存在を感じることはありません。ひとたび、不意のクラッシュが起こってもIT部署に電話すると担当者がコマンドを叩いてすべてのファイルをコピーしてハードディスクに入れて持って来てくれます。AppleのTime machineみたいな機能と言えばわかりやすいかもしれません。規模が大きいですが。
こうしたサービスは大学の職員が研究に集中できるバックアップ体制としての安心感があります。また、やり取りされる添付文書などもアンチウイルスソフトで安全性がすべてチェックされています。
コンピューターのクラッシュで書類が失われたらその何時間も何十時間もの労働が吹き飛んでしまいます。クラッシュする事はある確率で防げないものとすると、バックアップシステムはその被害を最小限にしてくれます。
すごい世の中になったものです。
iPhoneなどのスマホについて考える
今、私が使っている携帯電話はiPhone 5sです。今月末で契約して2年になります。AT&Tのものなので2年が経つとSIMフリーにすることができます。
それはいいとして、iPhoneはシステムOS（オペレーティングシステム）というのか、OSはiOSです。最新バージョンはiOS 9.1でしょうか。
私のiOSはまだ7.いくつかです。これで全く問題ありません。MacOS XとiOSのシームレスな連携という事をAppleは実現しようとしていますが、Appleを超える携帯電話を作ろうと思えばできると思う。
ただ、世界中の携帯電話キャリアは絶対にやろうとしないだろうな。これができればある層のユーザーを一気に獲得できるはず。
MacOSにはユーザー切り替えという機能があります。Windowsにもあるのかもしれませんが、一台のパソコンを複数の人で使う時にユーザーを切り替えることができます。もしくは個人のパソコンであっても環境を変えたい時に切り替えることができます。
これをiPhoneやAndroidのスマホで実現するとこいう事です。つまり使用者をスイッチする機能を搭載し、この機能を使って切り替えると一代の端末で電話番号を切り替える機能、ユーザースイッチ。
今の携帯電話はどれもSIMカードで使用者を特定し固有のナンバーを振り当てられます。SIMカードはユーザーと携帯電話をひも付けしてあります。
もしもこれができれば携帯電話を必要としないけどたまに外出する時に使いたいとか、子供に一時的に貸してあげるという時に非常に便利。携帯電話の普及率の低い国などでもユーザー獲得競争ににきっと有利になる。第一、携帯電話料金はかなり節約できる。
革命を起こすという事はこういうことかも。
（もっとも、携帯電話は端末性能やOSよりも基地局の設置、普及が肝だと思いますが。）
