千野静のカリフォルニア通信

米国西海岸に在住していた研究者のブログ

Apple M1 チップ搭載のMacBookについて

2020年11月の中頃にM1チップが搭載されたMacBook Air, MacBook Pro, Miniが発売された。どうも定電力消費で、かつ体感できるほど早いマシンらしい。 iOSのソフトが動くということが、すごいことなんではなかろうか。 スティーブ・ジョブズが亡くなる前に描い…

人は計画を示されると安心する?

私は物事を何をかするときに計画するのが苦手な性分です。 しかし、計画無き所に成功なしと、仕事をする上で痛感した。 そこで何をするにもまず、計画を立て、次にそれを実践する事を心がけるようになった。 驚く事に、計画して動くと、心に余裕ができてなん…

FXST 1985 ハンドルバー その2

ハンドルバーライザをプルバックタイプに交換した。 ストレートタイプはブレーキケーブルが長さが足らずいっぱいいっぱいでした。 FXSTの純正がこのプルバックしたタイプなのでとてもいい感じ。 レバーが握りやすくなって、取り回しが良くなりました。

FXST 1985 ハンドルバー

私のFXST はハンドルバーがTバータイプに交換されている。 これをハーレー純正のハンドルバーに交換することとしました。 結論は取り回しが重くなり、しかもブレーキラインが若干短すぎ。 これは再考が必要ですな。 交換前 交換後

FXST 1985のスペアキーを作りました

古いハーレーに乗っている人の苦労の一つはスペアキーを作る事だ。と思う。 昔のハーレーはフラットキーという、いわゆるペタンコのキーでロックします。 ところがこのキーは日本のディーラーはおろか、サクラメントのディーラーでもすでにスペアキー作成の…

カリフォルニアの景色とハーレー

カリフォルニアは秋真っ盛り。近所(サクラメント)でも紅葉が見られます。 光が透明で空気が澄んでいる。 そんな中、街中で見かけたハーレー。

R and Bioconductor

sudo R install.packages("corrplot") BiocManager::install("org.Mm.eg.db")

1985 FXST Softail

会社の上長の友人がバイクから降りられるということで、そのバイクを見せてもらいに行きました。 ガレージでオーナーがカバーをどけると、そのバイクは静かに佇んでいた。 伴侶となるハーレーに出会えた! と背中に電気が走るのを感じた。 これは1985年式 FX…

samtoolsのダウンロードとインストール

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2cd samtools-1.9/./configure --prefix=/usr/local/make -j 8make install

H-1Bビザ保有者が国益免除でアメリカのグリーンカードを取得するまで

トータル1年8ヶ月におよんだグリーンカード取得は無事完了し、晴れて家族四人永住権保持者となりました。 以下が申請カテゴリー/スポンサー/方法、所要時間/申請センター、費用の概算等 (自分と配偶者と娘二人の計4人分(2018年10月現在)。 [申請カテゴリー/…

Mac Pro 2008 (電源)故障

Mac

使っているMac Pro 2008 モデルが故障した。 本体のPower ボタンを押してもすぐに電源が切れる。 そこでControl + Option + Command キーの同時押しで電源ボタンを押すのをやってみる。やはり一瞬、電源が入るがすぐにシャットダウンしてしまう。 面倒なこと…

Nippon First という発想

トランプ大統領が「America First」と就任演説で述べたことに前回触れたが、 我が国の安倍首相がもしも、トランプ大統領が誕生するより前に 「Nippon First」 と演説して、日本は日本の国内問題の解決に第一に取り組むと世界に向けて発信していたらどういう…

NGS解析をするのに最適なMacBook Pro 15 インチ

Next generation sequencing (NGS)というのは簡単に言うと、あらゆる生物の全ゲノム情報を1日とか数時間で解読してしまおうという装置やシステムです。 遺伝子の配列をそれだけの短時間で解読することが可能になっています。 そうはいっても、そこから有用な…

トランプ大統領の就任演説 ー アメリカ・ファースト ー

2017年1月20日正午 第45代アメリカ合衆国大統領、ドナルド J トランプ氏の就任演説があった。ワシントンDCと、ここカリフォルニアとは時差が3時間あるので、朝、9時頃にテレビでその様子が報道されていた。 その演説は米国民は当然ながら、世界中の人、一人…

都会でフルーツを自給自足するために - Falling Fruit org -

https://fallingfruit.org - map the urban harvest!というサイトがあるのをご存知でしょうか。 無料でオレンジなどのフルーツを収穫する方法を提供してくれます。 Falling Fruitでメールアドレスとパスワードを設定してアカウントを作成すると地図上に沢山…

自戒を込めて

やっていい事、悪い事 言っていい事、悪い事 言っていい時、悪い時

安倍首相がアメリカに来た

安倍晋三首相が、アメリカにやってきました。 トランプ次期大統領に会うために。 トランプ氏は次の大統領に決まっただけで、これまで政治経験は皆無の実業家。 「俺は政治のキャリアは生まれた時からの62年だから、政治のことは何でも聞いてくれドナルド。」…

NGS解析: CuffdiffをiMacとWSで走らせてみたところ

RNA-Seq解析 24 core/Ubuntu 16.04/Custom PCでのRNA-Seq解析は4 core, Core i5/iMac での解析のおよそ5倍のスピードだった。 解析作業にそれぞれ16コアと2コアを割り当てた。 マシンパワーが解析時間の短縮に重要であると実感する。

1985 XLH アイアンスポーツ

自動車を売却したため日頃の足にバイクを買いました。暇をみては乗り物を探していましたが、なるべくいじっていなくて走行距離少なめで、年式が新しくなくて、しかも程度がいい実働車となるとなかなか見つかりませんでした。 ようやく近所で売却予定のよさそ…

NGS 解析用ワークステーションの導入

次世代シークエンス(Next Generation Sequencing, NGS)が世に出て10年ほどですが、遅ればせながら本格的に解析を始めることになりました。 これまでiMacでちょこちょこ解析をしていましたが日常のメールを書いたりパワーポイントを使ったりしているマシン…

用心することが肝要だ

最初に言っておくと、自宅に泊めていた自転車が盗まれてしまいました。 前日、研究室から帰宅して、玄関前のパントリーに停めておいたものが夜間寝ている間に、持ち去られてしまったのです。 朝、出勤しようとするとすると、そこに停めてあったはずの自転車…

不食をしたら腰痛が消えた

ふと思う所があって不食を試みました。不食というのは絶食とは違うもののようですが、言葉の捉え方の違いであってないようにさしたる違いはないと思います。 要は食べないということ。日曜日の朝食に薄い食パン2枚と目玉焼きを最後に水曜日の夕食まで3日とち…

クラウドのストーレージ利用

クラウドコンピューティング、便利になりすぎるといかんと思いながらも最近はよく利用している。一分一秒を無駄にできない仕事をしている時はクラウドストーレージは助かります。 最近知ったのですが、私の大学全体のシステムには容量無制限で無料で使えるク…

iPhoneなどのスマホについて考える

Mac

今、私が使っている携帯電話はiPhone 5sです。今月末で契約して2年になります。AT&Tのものなので2年が経つとSIMフリーにすることができます。 それはいいとして、iPhoneはシステムOS(オペレーティングシステム)というのか、OSはiOSです。最新バージョンはi…

RでHeatmapを描画する

このところカリフォルニア、サクラメントは急に寒くなってきました。日中15 〜 16℃、最低気温は4℃くらい。Day light saving time、いわゆるサマータイムが先週終わったので夜が長くなりました。 データの表現にHeatmapといって遺伝子の発現変動をプロットす…

iOS9にすると外付けキーボードのCommand+Spaceの言語入力切り替えが効かなくなる

Mac

AppleのiPad miniを使用しているのですが、iOS9に最近アップデートしました。 しかしこのOSには大問題があります。サードパーティー製の外付けキーボードを使用している場合、英語→日本語、日本語→英語の言語入力切り替えがCommand+SpaceキーだったものがCon…

バイオインフォマティクス解析を始める

昨今の次世代シークエンスを用いた研究手法の発達で、これらから大量に吐き出されるデータの解析にR, Perl, Pythonなどのプログラミング言語を習得することになりました。 手始めにPerl上でCircosを使ってゲノムを描画させるということをしてみました。 Circ…

ブログを始めます

米国に研究しに来て間もなく9ヶ月になろうとしている。あっという間に過ぎ去る日常を書き留めておく。