読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

千野静のカリフォルニア通信

米国西海岸に在住の研究者のブログ

Nippon First という発想

トランプ大統領が「America First」と就任演説で述べたことに前回触れたが、 我が国の安倍首相がもしも、トランプ大統領が誕生するより前に 「Nippon First」 と演説して、日本は日本の国内問題の解決に第一に取り組むと世界に向けて発信していたらどういう…

NGS解析をするのに最適なMacBook Pro 15 インチ

Next generation sequencing (NGS)というのは簡単に言うと、あらゆる生物の全ゲノム情報を1日とか数時間で解読してしまおうという装置やシステムです。 遺伝子の配列をそれだけの短時間で解読することが可能になっています。 そうはいっても、そこから有用な…

トランプ大統領の就任演説 ー アメリカ・ファースト ー

2017年1月20日正午 第45代アメリカ合衆国大統領、ドナルド J トランプ氏の就任演説があった。ワシントンDCと、ここカリフォルニアとは時差が3時間あるので、朝、9時頃にテレビでその様子が報道されていた。 その演説は米国民は当然ながら、世界中の人、一人…

都会でフルーツを自給自足するために - Falling Fruit org -

https://fallingfruit.org - map the urban harvest!というサイトがあるのをご存知でしょうか。 無料でオレンジなどのフルーツを収穫する方法を提供してくれます。 Falling Fruitでメールアドレスとパスワードを設定してアカウントを作成すると地図上に沢山…

自戒を込めて

やっていい事、悪い事 言っていい事、悪い事 言っていい時、悪い時

安倍がアメリカに来た

安倍晋三。 日本の首相ですが、アメリカにやってきました。 トランプ次期大統領に会うために。 トランプ氏は次の大統領に決まっただけで、これまで政治経験は皆無の実業家。 「俺は政治のキャリアは生まれた時からの62年だから、政治のことは何でも聞いてく…

NGS解析: CuffdiffをiMacとWSで走らせてみたところ

RNA-Seq解析 24 core/Ubuntu 16.04/Custom PCでのRNA-Seq解析は4 core, Core i5/iMac での解析のおよそ5倍のスピードだった。 解析作業にそれぞれ16コアと2コアを割り当てた。 マシンパワーが解析時間の短縮に重要であると実感する。

1985年式 XLH アイアンスポーツ

自動車を売却したため日頃の足にバイクを買いました。暇をみては乗り物を探していましたが、なるべくいじっていなくて走行距離少なめで、年式が新しくなくて、しかも程度がいい実働車となるとなかなか見つかりませんでした。 ようやく近所で売却予定のよさそ…

NGS 解析用ワークステーションの導入

次世代シークエンス(Next Generation Sequencing, NGS)が世に出て10年ほどですが、遅ればせながら本格的に解析を始めることになりました。 これまでiMacでちょこちょこ解析をしていましたが日常のメールを書いたりパワーポイントを使ったりしているマシン…

用心することが肝要だ

最初に言っておくと、自宅に泊めていた自転車が盗まれてしまいました。 前日、研究室から帰宅して、玄関前のパントリーに停めておいたものが夜間寝ている間に、持ち去られてしまったのです。 朝、出勤しようとするとすると、そこに停めてあったはずの自転車…

不食をしたら腰痛が消えた

ふと思う所があって不食を試みました。不食というのは絶食とは違うもののようですが、言葉の捉え方の違いであってないようにさしたる違いはないと思います。 要は食べないということ。日曜日の朝食に薄い食パン2枚と目玉焼きを最後に水曜日の夕食まで3日とち…

クラウドのストーレージ利用

クラウドコンピューティング、便利になりすぎるといかんと思いながらも最近はよく利用している。一分一秒を無駄にできない仕事をしている時はクラウドストーレージは助かります。 最近知ったのですが、私の大学全体のシステムには容量無制限で無料で使えるク…

iPhoneなどのスマホについて考える

Mac

今、私が使っている携帯電話はiPhone 5sです。今月末で契約して2年になります。AT&Tのものなので2年が経つとSIMフリーにすることができます。 それはいいとして、iPhoneはシステムOS(オペレーティングシステム)というのか、OSはiOSです。最新バージョンはi…

RでHeatmapを描画する

このところカリフォルニア、サクラメントは急に寒くなってきました。日中15 〜 16℃、最低気温は4℃くらい。Day light saving time、いわゆるサマータイムが先週終わったので夜が長くなりました。 データの表現にHeatmapといって遺伝子の発現変動をプロットす…

iOS9にすると外付けキーボードのCommand+Spaceの言語入力切り替えが効かなくなる

Mac

AppleのiPad miniを使用しているのですが、iOS9に最近アップデートしました。 しかしこのOSには大問題があります。サードパーティー製の外付けキーボードを使用している場合、英語→日本語、日本語→英語の言語入力切り替えがCommand+SpaceキーだったものがCon…

バイオインフォマティクス解析を始める

昨今の次世代シークエンスを用いた研究手法の発達で、これらから大量に吐き出されるデータの解析にR, Perl, Pythonなどのプログラミング言語を習得することになりました。 手始めにPerl上でCircosを使ってゲノムを描画させるということをしてみました。 Circ…

ブログを始めます

米国に研究しに来て間もなく9ヶ月になろうとしている。あっという間に過ぎ去る日常を書き留めておく。