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千野静のカリフォルニア通信

米国西海岸に在住の研究者のブログ

NGS解析をするのに最適なMacBook Pro 15 インチ

研究

Next generation sequencing (NGS)というのは簡単に言うと、あらゆる生物の全ゲノム情報を1日とか数時間で解読してしまおうという装置やシステムです。

 

遺伝子の配列をそれだけの短時間で解読することが可能になっています。

 

そうはいっても、そこから有用な情報を得るために様々な解析プログラムを使って情報を取り出さなければなりません。

 

解析には世の中で出回っている普通のWindowsやMacなどラップトップでもできます。

 

そこで私がNGS解析用のラップトップとして選んだのがMacBook Pro 15 インチ。それもRetinaでないやつ。MacBook Pro 15 inch Mid 2012です。Intel製の2.3 GHz Core i7 クアッドコア。

 

これは私にとって最高のApple製ラップトップです。内蔵のHDDを取り外し、そこへ256 GBのSSDを換装し、マルチドライブ(Appleが言うところのSuperDrive)を取り外した所へはもう一つ、1TBのHDDを内蔵しています。メモリはMaxの16GBにしてあります。

 

システムやアプリケーション、そして一時的なNGS解析データなどはSSDにインストール、あるいは保存しておいて解析し、fastqや解析途中で出力されたBamファイルなどの大量のデータファイルはHDD側に保存する。

 

通常利用で必要な端子類はUSB3.0が二基、ギガビットイーサ、Firewire 800があり、Thunderboltもある。内蔵の記憶装置は汎用品が使えるので安価で、故障などのトラブル対応がしやすい。これ一台でどんなこともでき、実質的に個人でカスタマイズできるApple製のラップトップというとこれ以外は考えられません。

 

UCガンダムで言うところのフルアーマーといったところでしょう。Appleは惜しいマシンを葬ってしまいました。17インチも2012年モデルを出してくれていればよかったのですが。

 

コンピューターの飛躍的な進化によって最も恩恵を受けている分野の一つが生命科学分野なのは間違いがありません。人の病気の原因遺伝子を探すためにコンピューターは欠かせません。解析中に電源が落ちてしまっては解析が途中で中断され、一からやり直しになってしまいます。

 

そうした突発的な事故からデータや時間を守るためにも優れたラップトップは絶対に必要です。NGS解析に特化した強力なCPUと潤沢な記憶装置を搭載したラップトップ。そんなマシンが欲しい。