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千野静のカリフォルニア通信

米国西海岸に在住の研究者のブログ

NGS解析をするのに最適なMacBook Pro 15 インチ

Next generation sequencing (NGS)というのは簡単に言うと、あらゆる生物の全ゲノム情報を1日とか数時間で解読してしまおうという装置やシステムです。 遺伝子の配列をそれだけの短時間で解読することが可能になっています。 そうはいっても、そこから有用な…

NGS解析: CuffdiffをiMacとWSで走らせてみたところ

RNA-Seq解析 24 core/Ubuntu 16.04/Custom PCでのRNA-Seq解析は4 core, Core i5/iMac での解析のおよそ5倍のスピードだった。 解析作業にそれぞれ16コアと2コアを割り当てた。 マシンパワーが解析時間の短縮に重要であると実感する。

NGS 解析用ワークステーションの導入

次世代シークエンス(Next Generation Sequencing, NGS)が世に出て10年ほどですが、遅ればせながら本格的に解析を始めることになりました。 これまでiMacでちょこちょこ解析をしていましたが日常のメールを書いたりパワーポイントを使ったりしているマシン…

クラウドのストーレージ利用

クラウドコンピューティング、便利になりすぎるといかんと思いながらも最近はよく利用している。一分一秒を無駄にできない仕事をしている時はクラウドストーレージは助かります。 最近知ったのですが、私の大学全体のシステムには容量無制限で無料で使えるク…

RでHeatmapを描画する

このところカリフォルニア、サクラメントは急に寒くなってきました。日中15 〜 16℃、最低気温は4℃くらい。Day light saving time、いわゆるサマータイムが先週終わったので夜が長くなりました。 データの表現にHeatmapといって遺伝子の発現変動をプロットす…

バイオインフォマティクス解析を始める

昨今の次世代シークエンスを用いた研究手法の発達で、これらから大量に吐き出されるデータの解析にR, Perl, Pythonなどのプログラミング言語を習得することになりました。 手始めにPerl上でCircosを使ってゲノムを描画させるということをしてみました。 Circ…