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千野静のカリフォルニア通信

米国西海岸に在住の研究者のブログ

バイオインフォマティクス解析を始める

昨今の次世代シークエンスを用いた研究手法の発達で、これらから大量に吐き出されるデータの解析にR, Perl, Pythonなどのプログラミング言語を習得することになりました。

 

手始めにPerl上でCircosを使ってゲノムを描画させるということをしてみました。

Circosとはこういうものです。これはある生物のゲノムとヒトの染色体上の遺伝子のゲノムリンクを表しています。 

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ところが問題が、職場のPCはLate 2013のiMac 27インチ。メモリは8 GBで動いています。

 

一方、自宅のメインLaptopはポリカーボネートの外装のMacBook。2008年に購入し、7年半ほど使用しています。

 

さすがに古いモデルなのでメモリは4 GB、HDDは1 TBに換装してあるとはいえ、使い続けるのは難しくなってきました。

 

現在の最新のOSX El Capitanはおろか、いくつかのソフトは動かないのでLaptopを更新することにしました。

 

機種選定ですが、Retinaのモデルは薄くて軽くて速くて液晶画面が奇麗であると、言うことなしなのだけど、私には非RetinaのMacBook Pro 15インチがよさそうです。画面の大きい17インチが当初希望でしたが、17インチは2011年が最終で、USB 2.0止まりなのと、Bluetoothも2.0で4.0は搭載されなかったため見送ることにしました。

 

購入したのはMid 2012、2.3 GHzクアッドコア Core i7のMacBook Pro 15インチ 最終モデル。

 

最大の理由は自身の手でHDDやメモリの交換ができる事です。

 

MacBook、2.2 GHzのCore 2 Duoからのアップグレードなのでさすがに速い。ですが、メモリが4 GBではSafariを立ち上げるだけで逼迫してしまうので16 GBに交換しました。速い。Macの最低メモリは16GBだと実感。

 

それにしてもTerminalを叩くのは久しぶり。環境整備が終わったので解析手法を勉強せねば。