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千野静のカリフォルニア通信

米国西海岸に在住の研究者のブログ

RでHeatmapを描画する

 

このところカリフォルニア、サクラメントは急に寒くなってきました。日中15 〜 16℃、最低気温は4℃くらい。Day light saving time、いわゆるサマータイムが先週終わったので夜が長くなりました。

 

データの表現にHeatmapといって遺伝子の発現変動をプロットする作業をしています。Rという一種のプログラミング言語を使って描画するのですが、これがなかなか奥が深いのです。

 

グラフを作るのにはこれまでExcelを主に使ってきましたが、それらでは描画が難しいデータをプロットすることができます。昨今の科学論文ではマイクロアレイ、次世代シークエンサーの登場によりビッグデータを扱う事が増えて来ています。

 

こうした解析手法ができることはデータそのものの有用性だけでなく、将来の研究の方向性を決める上でも非常に重要になっているといえるでしょう。

 

間も無く渡米して2年になります。研究室を挙げて面白い論文を準備中なので発表後の反響がとても楽しみ。

 

(図がHeatmapです。ランダムデータで特定の何かを示すものではありません。)

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