RでHeatmapを描画する
このところカリフォルニア、サクラメントは急に寒くなってきました。日中15 〜 16℃、最低気温は4℃くらい。Day light saving time、いわゆるサマータイムが先週終わったので夜が長くなりました。
データの表現にHeatmapといって遺伝子の発現変動をプロットする作業をしています。Rという一種のプログラミング言語を使って描画するのですが、これがなかなか奥が深いのです。
グラフを作るのにはこれまでExcelを主に使ってきましたが、それらでは描画が難しいデータをプロットすることができます。昨今の科学論文ではマイクロアレイ、次世代シークエンサーの登場によりビッグデータを扱う事が増えて来ています。
こうした解析手法ができることはデータそのものの有用性だけでなく、将来の研究の方向性を決める上でも非常に重要になっているといえるでしょう。
間も無く渡米して2年になります。研究室を挙げて面白い論文を準備中なので発表後の反響がとても楽しみ。
（図がHeatmapです。ランダムデータで特定の何かを示すものではありません。）
iOS9にすると外付けキーボードのCommand+Spaceの言語入力切り替えが効かなくなる
AppleのiPad miniを使用しているのですが、iOS9に最近アップデートしました。
しかしこのOSには大問題があります。サードパーティー製の外付けキーボードを使用している場合、英語→日本語、日本語→英語の言語入力切り替えがCommand+SpaceキーだったものがControl+Spaceキーに変更になっています。
私のBelkinのキーボードはControlキーがありません。ハードウェアキーボードを使用しての言語切り替えができなくなりました。
このAppleのユーザーを無視したやり方はどうにも我慢なりません。
エンジニアがこんなのやってみました的にしたことなのかもしれませんが。
Commandキーは昔は別名、Apple キーと呼ばれていてとても重要なキーでした。キートップからアップルマークが無くなった昨今のMacBookシリーズですが、その機能は脈々と現在まで受け継がれていました。
私がApple IIciを使い始めた1990年から現在までずっとCommand+Spaceキーが言語入力切り替えのキーコンビネーションでした。
キーボードの上のAppleの魂ともいえるCommandキーの機能をSpotlightのために捨て去るとは。OS Xではキーコンビネーションの変更ができるからいいのですがiOS ではそうはいきません。（今回のiOS9ではCommand+SpaceキーがSpotlightの立ち上げにキーアサインが変更されたのです。）
ジョブズが亡くなって4年。Appleは間違った方向に進み始めているように感じます。
バイオインフォマティクス解析を始める
昨今の次世代シークエンスを用いた研究手法の発達で、これらから大量に吐き出されるデータの解析にR, Perl, Pythonなどのプログラミング言語を習得することになりました。
手始めにPerl上でCircosを使ってゲノムを描画させるということをしてみました。
Circosとはこういうものです。これはある生物のゲノムとヒトの染色体上の遺伝子のゲノムリンクを表しています。
ところが問題が、職場のPCはLate 2013のiMac 27インチ。メモリは8 GBで動いています。
一方、自宅のメインLaptopはポリカーボネートの外装のMacBook。2008年に購入し、7年半ほど使用しています。
さすがに古いモデルなのでメモリは4 GB、HDDは1 TBに換装してあるとはいえ、使い続けるのは難しくなってきました。
現在の最新のOSX El Capitanはおろか、いくつかのソフトは動かないのでLaptopを更新することにしました。
機種選定ですが、Retinaのモデルは薄くて軽くて速くて液晶画面が奇麗であると、言うことなしなのだけど、私には非RetinaのMacBook Pro 15インチがよさそうです。画面の大きい17インチが当初希望でしたが、17インチは2011年が最終で、USB 2.0止まりなのと、Bluetoothも2.0で4.0は搭載されなかったため見送ることにしました。
購入したのはMid 2012、2.3 GHzクアッドコア Core i7のMacBook Pro 15インチ 最終モデル。
最大の理由は自身の手でHDDやメモリの交換ができる事です。
MacBook、2.2 GHzのCore 2 Duoからのアップグレードなのでさすがに速い。ですが、メモリが4 GBではSafariを立ち上げるだけで逼迫してしまうので16 GBに交換しました。速い。Macの最低メモリは16GBだと実感。
それにしてもTerminalを叩くのは久しぶり。環境整備が終わったので解析手法を勉強せねば。
